Un Núcleo Milenio está conformado por un grupo de investigadores (3 a 10) ligados a una o más universidades o centros de investigación, que se asocian para abordar preguntas complejas, que se encuentran en la frontera del conocimiento de sus respectivas disciplinas. A través de este proceso colaborativo se impulsa el fortalecimiento de las capacidades científicas y tecnológicas de excelencia a nivel nacional, junto con la difusión y transferencia del conocimiento a otros sectores de la sociedad.
